De plot wordt dikker. Metal Gear Solid is altijd een serie geweest die vol zit met samenzwering en het lijkt erop dat de samenzwering de echte wereld is binnengedrongen. Alsof de mysterieuze breuk tussen Konami en Hideo Kojima niet genoeg was, lijkt het wel Metal Gear Solid V heeft nog een laag mysterie begraven in zijn code. Sommige spelers hebben deze code doorgenomen en een oud spel uit de jaren 80 van de vorige eeuw ontdekt.
Het spel wordt genoemd De Portopia seriemoordenzaak, wat Kojima heeft gezegd, was een van de redenen waarom hij in games wilde werken. Spelers hebben obsessief geprobeerd het volledige spel te laten werken door stukjes code te verzamelen die erin verborgen zijn Getroffen gebieden en The Phantom Painen het lijkt erop dat deze obsessie zijn vruchten heeft afgeworpen - ook al is het spel in het Japans. Spelers zoeken hierin naar enige betekenis. Hideo Kojima zou het niet voor niets hebben gedaan. Spelers weten dat er een verborgen betekenis achter schuilgaat en ze zijn vastbesloten om erachter te komen wat dat is.